与传统的食品安全控制方法相比，HACCP有它的独到之处。传统的食品安全控制流程一般建立在集中观察、最终产品的测试等方面，通过“望、闻、切”的方法去寻找潜在的危害，而不是采取预防的方式，因此存在一定的局限性，靠直觉去预测潜在的食品安全问题，在最终产品的检验方面代价高昂。而在HACCP管理体系原理指导下，食品安全被融入到设计的过程中，而不是最终产品检测。因而，HACCP体系提供一种能起到预防作用的体系，并且能更经济地保障食品的安全。美国食品药品管理局的统计数据表明，在水产加工企业中，实施HACCP体系的企业比没实施的企业食品污染的概率降低了20%到60%。

    在HACCP体系的实际应用中，其优点可归纳为四个方面：（1）该体系建立在过程控制的基础上，对最终产品的检测仅作为验证体系的有效手段；（2）该体系可以进行预防性控制，防止不合格品出现；（3）该体系可以进行自我控制，使加工者具有自检、自控、自纠能力；（4）该体系可以追溯加工及控制记录，使政府检查或产品出现问题时有据可查。